Tubulopatie pannello generale Cod.P158

Le tubulopatie racchiudono un gruppo di patologie del tubulo renale che possono portare a insufficienza renale acuta e mancato riassorbimento dei minerali necessari per il corretto funzionamento cellulare anche a livello osseo.
88 geni
0,7/100.000
Pannello multigenico mirato alla diagnosi molecolare delle tubulopatie.

Metodo: Sequenziamento NGS, determinazione di SNV (Single Nucleotide Variants), piccole inserzioni e delezioni e CNV (Copy Number Variants).

Limiti: Il test non è in grado di determinare la presenza di eventi somatici poco rappresentati, riarrangiamenti cromosomici bilanciati, eventi di espansione nucleotidica di regioni ripetute, CNV <3 esoni contigui.

Alcuni geni possono presentare zone con basso coverage, dove necessario o su specifica richiesta, nei limiti delle limitazioni metodologiche, è possibile completare il sequenziamento con metodiche alternative (Sanger). Alcuni geni possono essere duplicati nel genoma (pseudogeni), questo può inficiare l'analisi.

Il campione di elezione è il sangue. Sono sufficienti due provette tappo viola (K2DTA) con 4-5 ml di sangue ciascuna per l’adulto o 1-2 ml per il bambino. Conservare a +4 gradi fino alla spedizione; NON CONGELARE Spedire il campione a temperatura ambiente negli appositi contenitori entro 2-3 giorni. Il campione deve arrivare al laboratorio entro 4 giorni​​ R&I Genetics può inviare ai medici su richiesta mail info@rigenetics.comdei kit completi per il prelievo di sangue, inclusa busta di spedizione. Il kit può essere ritirato all’indirizzo comunicato per mail a info@rigenetics.com da un corriere con spese a carico di R&I Genetics.
 
Preparazione del campione

Il campione di elezione è il sangue.

Sono sufficienti due provette tappo viola (K2DTA) con 4-5 ml di sangue ciascuna per l’adulto o 1-2 ml per il bambino.

  • Conservare a +4 gradi fino alla spedizione; NON CONGELARE

  • Spedire il campione a temperatura ambiente negli appositi contenitori entro 2-3 giorni.

  • Il campione deve arrivare al laboratorio entro 4 giorni

R&I Genetics può inviare ai medici su richiesta mail info@rigenetics.comdei kit completi per il prelievo di sangue, inclusa busta di spedizione.

Il kit può essere ritirato all’indirizzo comunicato per mail a info@rigenetics.com da un corriere con spese a carico di R&I Genetics.

 

Refertazione

Il referto sarà disponibile entro 8-12 settimane dal ricevimento del campione per l'analisi di pannelli di geni e di geni singoli; per l’analisi dell’esoma o del genoma in trio il referto sarà disponibile entro 12-20 settimane.

Il referto originale sarà inviato per corriere al Medico richiedente e sarà disponibile e scaricabile dall’area riservata del nostro sito dallo stesso Medico.

R&I Genetics terrà informato il Medico richiedente sull’iter dell’analisi mediante mail.

Le nostre analisi

R&I Genetics è un laboratorio specializzato esclusivamente nella diagnosi di malattie ereditarie, sia rare che comuni.

Offriamo una gamma completa di analisi genetiche, che spaziano dall'analisi di singoli geni a pannelli di geni, fino al sequenziamento dell'esoma e del genoma.

R&I Genetics è un laboratorio accreditato con il Sistema Sanitario Nazionale e collabora attivamente con i principali centri ospedalieri e universitari italiani, garantendo un alto livello di competenza e supporto nella diagnosi genetica.

La tecnologia

R&I Genetics utilizza il sequenziamento di nuova generazione (Next Generation Sequencing NGS) per analizzare il DNA dei pazienti. Molte malattie ereditarie sono causate da varianti del DNA. L'identificazione delle varianti responsabili di malattie può portare ad una diagnosi, determinare la prognosi ed aiutare a selezionare i trattamenti più appropriati.

La tecnologia NGS consente un'analisi approfondita di migliaia di geni rilevanti a livello clinico in un lasso di tempo che facilita l'azione clinica.

Grazie al sequenziamento mirato, è possibile identificare sia varianti precedentemente associate a specifici disturbi genetici che nuove varianti nei geni correlati alla malattia.

Soluzioni su misura

R&I Genetics offre un servizio completo di test genetici NGS (Next Generation Sequencing) eseguito interamente nei propri laboratori, dalla ricezione del campione fino alla redazione di un referto clinico specializzato.

La strategia di analisi adottata si basa sul sequenziamento dell'intero esoma  e sull'interpretazione di gruppi preselezionati di geni, pannelli in silico proprietari, che sono coinvolti in specifiche patologie o presentazioni fenotipiche.

Questa metodologia consente un approccio mirato ed efficace nell'identificazione delle varianti genetiche correlate a malattie ereditarie.

Metodo di analisi

R&I Genetics utilizza il sequenziamento di nuova generazione (NGS) per analizzare il DNA dei pazienti. Le alterazioni nella sequenza del DNA (chiamate varianti) possono essere dannose e causare condizioni mediche gravi. Molte malattie ereditarie sono causate da varianti del DNA che originano nelle cellule germinali e che sono successivamente presenti in tutte le cellule del corpo umano.

L'identificazione delle varianti responsabili di malattie può portare ad una diagnosi, determinare la prognosi del paziente e aiutare a selezionare i trattamenti più appropriati.

La tecnologia NGS consente un'analisi completa di migliaia di geni target clinicamente rilevanti in un lasso di tempo che facilita l'intervento clinico. Il sequenziamento NGS rileva diversi tipi di varianti, come sostituzioni nucleotidiche (mutazioni puntiformi) o l'aggiunta/rimozione di nucleotidi (inserzioni e delezioni).

Grazie al sequenziamento mirato, è possibile identificare sia varianti precedentemente associate a specifici disturbi genetici, sia nuove varianti nei geni correlati alla malattia.

Processo bioinformatico

L'analisi dei dati provenienti dal sequenziamento NGS è un processo complesso, che richiede risorse informatiche e software avanzati. La pipeline bioinformatica automatizzata e proprietaria sviluppata e utilizzata da R&I Genetics permette di ottenere risultati rapidi, affidabili e altamente accurati.

L'analisi bioinformatica adotta la pipeline Broad Institute's BWA-GATK HaplotypeCaller 3.x Best Practice Workflow, ma con algoritmi di calcolo più efficienti e un'implementazione software di livello aziendale fornita da Sentieon DNASeq (>= v 201711.01). Le letture di sequenza vengono allineate al genoma di riferimento umano (GRCh37/hg19) e la marcatura dei duplicati viene eseguita utilizzando Picard (>= v2.17.0). Le varianti vengono annotate con Vcfanno (>= v0.2.8), vt (>= v0.5772) e VEP (>= v90.9). La profondità e la copertura del sequenziamento per il campione analizzato vengono calcolate in base agli allineamenti, tenendo conto della qualità, utilizzando i pacchetti Qualimap (>= v2.2.2), Picard (>= v2.17.0) e MultiQC (>= v1.3). La corsa di sequenziamento include anche campioni di riferimento in-process per il controllo di qualità, che consente la valutazione di sensibilità e specificità tramite script proprietari.

Oltre a incorporare algoritmi all'avanguardia per il controllo di qualità, l'allineamento e la chiamata delle varianti, la pipeline impiega anche passaggi di filtraggio per rimuovere le varianti comuni basate sulle frequenze alleliche in coorti di popolazione. Inoltre, la conseguenza funzionale dei cambiamenti degli amminoacidi viene prevista utilizzando diversi strumenti in silico, aumentando l'accuratezza nell'identificazione delle varianti potenzialmente patogene.

Per supportare ulteriormente il processo di interpretazione delle varianti, i risultati vengono confrontati con un insieme completo di database di mutazioni correlate a malattie, raccolti e curati internamente, oltre che accessibili da fonti pubbliche o concesse in licenza da fornitori commerciali. In sintesi, la nostra pipeline bioinformatica è progettata per fornire ai nostri genetisti informazioni complete e accurate nel minor tempo possibile.

Interpretazione

La fase finale del processo di analisi è l’interpretazione dei dati e la classificazione delle varianti.

La strategia interpretativa di R&I Genetics consiste nell’esecuzione del sequenziamento dell’esoma e nell’utilizzo di pannelli di geni (virtual gene set), sviluppati internamente e mirati, in relazione al fenotipo clinico, alla ricerca di varianti in geni che possono essere la causa di una determinata malattia genetica.

L’efficacia dei pannelli di geni dipende dalla scelta dei geni e dalla strategia di costruzione adottata.

I geni vengono scelti a seguito di un’accurata analisi della letteratura scientifica e di un sistema dettagliato basato sull’associazione dei possibili fenotipi clinici alle diverse malattie e ai meccanismi molecolari sottostanti sviluppato dal gruppo di R&S di R&I Genetics.

La strategia di costruzione dei pannelli prevede, laddove possibile, sottosistemi specifici di geni che identificano, ad esempio, specifiche patologie in correlazione tra loro secondo interazioni gerarchiche.

CLASSIFICAZIONE DELLE VARIANTI

In un contesto diagnostico, la classificazione delle varianti è essenziale per prendere decisioni cliniche informate. Una corretta classificazione delle varianti è cruciale per gestire adeguatamente il paziente e ottenere i migliori risultati possibili.

Senza un'interpretazione e una valutazione approfondita dei dati di sequenziamento, i risultati dell'analisi genomica rischiano di risultare privi di significato.

R&I Genetics ha sviluppato uno schema di classificazione delle varianti che segue le linee guida e i criteri di interpretazione stabiliti dall’American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG 2015), lo standard del settore per i laboratori di diagnostica genetica clinica.

I nostri schemi sono stati validati con decine di migliaia di pazienti malati rari. Le varianti sono valutate utilizzando database di popolazione e specifici per gene/malattia, il database interno di varianti proprietario di R&I Genetics, numerosi database pubblici e commerciali di mutazioni e la letteratura scientifica appropriata. La storia clinica del paziente e le eventuali varianti identificate vengono esaminate insieme alla letteratura medica e genetica pertinente.

Il referto

Nel referto di una diagnosi genomica vengono indicate tutte le informazioni che consentono al medico l’interpretazione e la valutazione clinica del dato genetico.

I risultati connessi al quesito clinico sono riportati nella sezione “Risultato primario”, seguiti da un commento tecnico, dall’analisi della letteratura più significativa e dalla classificazione delle varianti secondo ACMG 2015.

Nella sezione “Risultato secondario” vengono riportate eventuali varianti che indicano lo stato di portatore del probando, dato molto importante per la famiglia del paziente.

Il referto, infine, riporta tutti i geni analizzati e le relative informazioni tecniche analitiche.